L'isola è, a differenza delle vicine Ischia e Procida, di origine carsica. Inizialmente era unita alla Penisola Sorrentina, salvo essere successivamente sommersa in parte dal mare e separata quindi dalla terraferma, dove oggi si trova lo stretto di Bocca Piccola. Capri presenta una struttura morfologica complessa, con cime di media altezza (Monte Solaro 589 m e Monte Tiberio334 m) e vasti altopiani interni, tra cui il principale è quello detto di "Anacapri". La costa è frastagliata con numerose grotte e cale che si alternano a ripide scogliere.
Le grotte, nascoste sotto le scogliere, furono utilizzate in epoca romana come ninfei delle sontuose ville che vennero costruite qui durante l'Impero. La più famosa è senza dubbio la Grotta Azzurra, in cui magici effetti luminosi furono descritti da moltissimi scrittori e poeti. Caratteristici di Capri sono i celebri Faraglioni, tre piccoli isolotti rocciosi a poca distanza dalla riva che creano un effetto scenografico e paesaggistico; ad essi sono stati attribuiti anche dei nomi per distinguerli: Stella per quello attaccato alla terraferma, Faraglione di Mezzo per quello frapposto agli altri due e Faraglione di Fuori (o Scopolo) per quello più lontano dall'isola. L'isola conserva numerose specie animali e vegetali, alcune endemiche e rarissime, come la lucertola azzurra, che vive su uno dei tre Faraglioni. La vegetazione è tipicamente mediterranea, con prevalenza di agavi, fichi d'India e ginestre.
A Capri non sono più presenti sorgenti d'acqua potabile ed il rifornimento idrico è garantito da condotte sottomarine provenienti dalla penisola sorrentina. L'energia elettrica viene fornita da una società privata in loco. I principali centri abitati dell'isola sono Capri, Anacapri, Marina Grande mentre l'altro versante marino di Capri, Marina Piccola, risulta meno abitato e ancora più soggetto al fenomeno della speculazione edilizia che ha investito tutta l'isola dai primi anni ottanta ad oggi.
